Merge branch 'master' of https://github.com/Mrbytes/gitblit

James Moger

2012-10-13 c658df9e87d65b08d5482cf04489cb0532ff83dd

 src/com/gitblit/LuceneExecutor.java

@@ -21,10 +21,10 @@
import java.io.File;

import java.io.IOException;

import java.io.InputStream;

import java.lang.reflect.Method;

import java.text.MessageFormat;

import java.text.ParseException;

import java.util.ArrayList;

import java.util.Arrays;

import java.util.Collections;

import java.util.Comparator;

import java.util.HashMap;

@@ -69,10 +69,12 @@
import org.apache.lucene.util.Version;

import org.eclipse.jgit.diff.DiffEntry.ChangeType;

import org.eclipse.jgit.lib.Constants;

import org.eclipse.jgit.lib.FileMode;

import org.eclipse.jgit.lib.ObjectId;

import org.eclipse.jgit.lib.ObjectLoader;

import org.eclipse.jgit.lib.ObjectReader;

import org.eclipse.jgit.lib.Repository;

import org.eclipse.jgit.lib.RepositoryCache.FileKey;

import org.eclipse.jgit.revwalk.RevCommit;

import org.eclipse.jgit.revwalk.RevTree;

import org.eclipse.jgit.revwalk.RevWalk;

@@ -88,6 +90,7 @@
import com.gitblit.models.IssueModel.Attachment;

import com.gitblit.models.PathModel.PathChangeModel;

import com.gitblit.models.RefModel;

import com.gitblit.models.RepositoryModel;

import com.gitblit.models.SearchResult;

import com.gitblit.utils.ArrayUtils;

import com.gitblit.utils.IssueUtils;

@@ -103,14 +106,13 @@
public class LuceneExecutor implements Runnable {

   

      

   private static final int INDEX_VERSION = 1;

   private static final int INDEX_VERSION = 5;



   private static final String FIELD_OBJECT_TYPE = "type";

   private static final String FIELD_ISSUE = "issue";

   private static final String FIELD_PATH = "path";

   private static final String FIELD_COMMIT = "commit";

   private static final String FIELD_BRANCH = "branch";

   private static final String FIELD_REPOSITORY = "repository";

   private static final String FIELD_SUMMARY = "summary";

   private static final String FIELD_CONTENT = "content";

   private static final String FIELD_AUTHOR = "author";

@@ -137,51 +139,42 @@
   private final Map<String, IndexSearcher> searchers = new ConcurrentHashMap<String, IndexSearcher>();

   private final Map<String, IndexWriter> writers = new ConcurrentHashMap<String, IndexWriter>();

   

   private final Set<String> excludedExtensions = new TreeSet<String>(Arrays.asList("7z", "arc",

         "arj", "bin", "bmp", "dll", "doc", "docx", "exe", "gif", "gz", "jar", "jpg", "lib",

         "lzh", "odg", "pdf", "ppt", "png", "so", "swf", "xcf", "xls", "xlsx", "zip"));



   private final Set<String> excludedBranches = new TreeSet<String>(

         Arrays.asList("/refs/heads/gb-issues"));

   private final String luceneIgnoreExtensions = "7z arc arj bin bmp dll doc docx exe gif gz jar jpg lib lzh odg odf odt pdf ppt png so swf xcf xls xlsx zip";

   private Set<String> excludedExtensions;

   

   public LuceneExecutor(IStoredSettings settings, File repositoriesFolder) {

      this.storedSettings = settings;

      this.repositoriesFolder = repositoriesFolder;

      String exts = luceneIgnoreExtensions;

      if (settings != null) {

         exts = settings.getString(Keys.web.luceneIgnoreExtensions, exts);

      }

      excludedExtensions = new TreeSet<String>(StringUtils.getStringsFromValue(exts));

   }



   /**

    * Indicates if the Lucene executor can index repositories.

    * 
    * @return true if the Lucene executor is ready to index repositories

    */

   public boolean isReady() {

      return storedSettings.getBoolean(Keys.lucene.enable, false);

   }



   /**

    * Run is executed by the gitblit executor service at whatever frequency

    * is specified in the settings.  Because this is called by an executor

    * service, calls will queue - i.e. there can never be concurrent execution

    * of repository index updates.

    * Run is executed by the Gitblit executor service.  Because this is called 
    * by an executor service, calls will queue - i.e. there can never be

    * concurrent execution of repository index updates.

    */

   @Override

   public void run() {

      if (!isReady()) {

      if (!storedSettings.getBoolean(Keys.web.allowLuceneIndexing, true)) {

         // Lucene indexing is disabled

         return;

      }

      // reload the excluded extensions

      String exts = storedSettings.getString(Keys.web.luceneIgnoreExtensions, luceneIgnoreExtensions);

      excludedExtensions = new TreeSet<String>(StringUtils.getStringsFromValue(exts));



      for (String repositoryName : GitBlit.self().getRepositoryList()) {

         Repository repository = GitBlit.self().getRepository(repositoryName);

         if (repository == null) {

            logger.warn(MessageFormat.format(

                  "Lucene executor could not find repository {0}. Skipping.",

                  repositoryName));

            continue;

      for (String repositoryName: GitBlit.self().getRepositoryList()) {

         RepositoryModel model = GitBlit.self().getRepositoryModel(repositoryName);

         if (model.hasCommits && !ArrayUtils.isEmpty(model.indexedBranches)) {

            Repository repository = GitBlit.self().getRepository(model.name);

            index(model, repository);				
            repository.close();

            System.gc();

         }

         // TODO allow repository to bypass Lucene indexing				
         index(repositoryName, repository);

         repository.close();

         System.gc();

      }

   }



@@ -194,51 +187,71 @@
    * @param repository

    *            the repository object

    */

   protected void index(String name, Repository repository) {

   private void index(RepositoryModel model, Repository repository) {

      try {

         if (JGitUtils.hasCommits(repository)) {

            if (shouldReindex(repository)) {

               // (re)build the entire index					
               IndexResult result = reindex(name, repository);

					
               if (result.success) {

                  if (result.commitCount > 0) {

                     String msg = "Built {0} Lucene index from {1} commits and {2} files across {3} branches in {4} secs";

                     logger.info(MessageFormat.format(msg, name,

                           result.commitCount, result.blobCount, result.branchCount, result.duration()));

                  }

               } else {

                  String msg = "Could not build {0} Lucene index!";

                  logger.error(MessageFormat.format(msg, name));

         if (shouldReindex(repository)) {

            // (re)build the entire index

            IndexResult result = reindex(model, repository);



            if (result.success) {

               if (result.commitCount > 0) {

                  String msg = "Built {0} Lucene index from {1} commits and {2} files across {3} branches in {4} secs";

                  logger.info(MessageFormat.format(msg, model.name, result.commitCount,

                        result.blobCount, result.branchCount, result.duration()));

               }

            } else {

               // update the index with latest commits					
               IndexResult result = updateIndex(name, repository);

               if (result.success) {

                  if (result.commitCount > 0) {

                     String msg = "Updated {0} Lucene index with {1} commits and {2} files across {3} branches in {4} secs";

                     logger.info(MessageFormat.format(msg, name,

                           result.commitCount, result.blobCount, result.branchCount, result.duration()));

                  }

               } else {

                  String msg = "Could not update {0} Lucene index!";

                  logger.error(MessageFormat.format(msg, name));

               }

               String msg = "Could not build {0} Lucene index!";

               logger.error(MessageFormat.format(msg, model.name));

            }

         } else {

            logger.info(MessageFormat.format("Skipped Lucene index of empty repository {0}",

                  name));

            // update the index with latest commits

            IndexResult result = updateIndex(model, repository);

            if (result.success) {

               if (result.commitCount > 0) {

                  String msg = "Updated {0} Lucene index with {1} commits and {2} files across {3} branches in {4} secs";

                  logger.info(MessageFormat.format(msg, model.name, result.commitCount,

                        result.blobCount, result.branchCount, result.duration()));

               }

            } else {

               String msg = "Could not update {0} Lucene index!";

               logger.error(MessageFormat.format(msg, model.name));

            }

         }

      } catch (Throwable t) {

         logger.error(MessageFormat.format("Lucene indexing failure for {0}", name), t);

         logger.error(MessageFormat.format("Lucene indexing failure for {0}", model.name), t);

      }

   }

	
   /**

    * Close the writer/searcher objects for a repository.

    * 
    * @param repositoryName

    */

   public synchronized void close(String repositoryName) {

      try {

         IndexSearcher searcher = searchers.remove(repositoryName);

         if (searcher != null) {

            searcher.getIndexReader().close();

         }

      } catch (Exception e) {

         logger.error("Failed to close index searcher for " + repositoryName, e);

      }

		
      try {

         IndexWriter writer = writers.remove(repositoryName);

         if (writer != null) {

            writer.close();

         }

      } catch (Exception e) {

         logger.error("Failed to close index writer for " + repositoryName, e);

      }		
   }



   /**

    * Close all Lucene indexers.

    * 

    */

   public void close() {

   public synchronized void close() {

      // close all writers

      for (String writer : writers.keySet()) {

         try {

@@ -252,7 +265,7 @@
      // close all searchers

      for (String searcher : searchers.keySet()) {

         try {

            searchers.get(searcher).close();

            searchers.get(searcher).getIndexReader().close();

         } catch (Throwable t) {

            logger.error("Failed to close Lucene searcher for " + searcher, t);

         }

@@ -269,20 +282,11 @@
    */

   public boolean deleteIndex(String repositoryName) {

      try {

         // remove the repository index writer from the cache and close it

         IndexWriter writer = writers.remove(repositoryName);

         if (writer != null) {

            writer.close();

            writer = null;

         }

         // remove the repository index searcher from the cache and close it

         IndexSearcher searcher = searchers.remove(repositoryName);

         if (searcher != null) {

            searcher.close();

            searcher = null;

         }

         // close any open writer/searcher

         close(repositoryName);



         // delete the index folder

         File repositoryFolder = new File(repositoriesFolder, repositoryName);

         File repositoryFolder = FileKey.resolve(new File(repositoriesFolder, repositoryName), FS.DETECTED);

         File luceneIndex = new File(repositoryFolder, LUCENE_DIR);

         if (luceneIndex.exists()) {

            org.eclipse.jgit.util.FileUtils.delete(luceneIndex,

@@ -298,7 +302,6 @@
         throw new RuntimeException(e);

      }

   }



   

   /**

    * Returns the author for the commit, if this information is available.

@@ -335,6 +338,24 @@
      }

      return name;

   }

	
   /**

    * Get the tree associated with the given commit.

    *

    * @param walk

    * @param commit

    * @return tree

    * @throws IOException

    */

   private RevTree getTree(final RevWalk walk, final RevCommit commit)

         throws IOException {

      final RevTree tree = commit.getTree();

      if (tree != null) {

         return tree;

      }

      walk.parseHeaders(commit);

      return commit.getTree();

   }



   /**

    * Construct a keyname from the branch.

@@ -366,7 +387,7 @@
    * @param repository

    * @return true of the on-disk index format is different than INDEX_VERSION

    */

   protected boolean shouldReindex(Repository repository) {

   private boolean shouldReindex(Repository repository) {

      try {

         FileBasedConfig config = getConfig(repository);

         config.load();

@@ -387,15 +408,16 @@
    * @param repository

    * @return IndexResult

    */

   public IndexResult reindex(String repositoryName, Repository repository) {

      IndexResult result = new IndexResult();

      if (!deleteIndex(repositoryName)) {

   public IndexResult reindex(RepositoryModel model, Repository repository) {

      IndexResult result = new IndexResult();		
      if (!deleteIndex(model.name)) {

         return result;

      }

      try {			
      try {

         String [] encodings = storedSettings.getStrings(Keys.web.blobEncodings).toArray(new String[0]);

         FileBasedConfig config = getConfig(repository);

         Set<String> indexedCommits = new TreeSet<String>();

         IndexWriter writer = getIndexWriter(repositoryName);

         IndexWriter writer = getIndexWriter(model.name);

         // build a quick lookup of tags

         Map<String, List<String>> tags = new HashMap<String, List<String>>();

         for (RefModel tag : JGitUtils.getTags(repository, false, -1)) {

@@ -427,7 +449,7 @@
         ObjectId defaultBranchId = JGitUtils.getDefaultBranch(repository);

         for (RefModel branch :  branches) {

            if (branch.getObjectId().equals(defaultBranchId)) {

               defaultBranch = branch;					
               defaultBranch = branch;

               break;

            }

         }

@@ -436,7 +458,23 @@
         

         // walk through each branch

         for (RefModel branch : branches) {

            if (excludedBranches.contains(branch.getName())) {



            boolean indexBranch = false;

            if (model.indexedBranches.contains(com.gitblit.Constants.DEFAULT_BRANCH)

                  && branch.equals(defaultBranch)) {

               // indexing "default" branch

               indexBranch = true;

            } else if (IssueUtils.GB_ISSUES.equals(branch)) {

               // skip the GB_ISSUES branch because it is indexed later

               // note: this is different than updateIndex

               indexBranch = false;

            } else {

               // normal explicit branch check

               indexBranch = model.indexedBranches.contains(branch.getName());

            }

				
            // if this branch is not specifically indexed then skip

            if (!indexBranch) {

               continue;

            }



@@ -456,7 +494,10 @@
            

            Map<String, ObjectId> paths = new TreeMap<String, ObjectId>();

            while (treeWalk.next()) {

               paths.put(treeWalk.getPathString(), treeWalk.getObjectId(0));

               // ensure path is not in a submodule

               if (treeWalk.getFileMode(0) != FileMode.GITLINK) {

                  paths.put(treeWalk.getPathString(), treeWalk.getObjectId(0));

               }

            }            



            ByteArrayOutputStream os = new ByteArrayOutputStream();

@@ -501,7 +542,6 @@
                  

                  Document doc = new Document();

                  doc.add(new Field(FIELD_OBJECT_TYPE, SearchObjectType.blob.name(), Store.YES, Index.NOT_ANALYZED_NO_NORMS));

                  doc.add(new Field(FIELD_REPOSITORY, repositoryName, Store.YES, Index.ANALYZED));

                  doc.add(new Field(FIELD_BRANCH, branchName, Store.YES, Index.ANALYZED));

                  doc.add(new Field(FIELD_COMMIT, commit.getName(), Store.YES, Index.ANALYZED));

                  doc.add(new Field(FIELD_PATH, path, Store.YES, Index.ANALYZED));

@@ -520,14 +560,14 @@
                  // index the blob content

                  if (StringUtils.isEmpty(ext) || !excludedExtensions.contains(ext)) {                     

                     ObjectLoader ldr = repository.open(blobId, Constants.OBJ_BLOB);

                     InputStream in = ldr.openStream();							
                     InputStream in = ldr.openStream();						
                     int n;

                     while ((n = in.read(tmp)) > 0) {

                        os.write(tmp, 0, n);

                     }

                     in.close();

                     byte[] content = os.toByteArray();

                     String str = new String(content, Constants.CHARACTER_ENCODING);

                     String str = StringUtils.decodeString(content, encodings);							
                     doc.add(new Field(FIELD_CONTENT, str, Store.YES, Index.ANALYZED));

                     os.reset();

                  }                     

@@ -542,7 +582,6 @@
            // index the tip commit object

            if (indexedCommits.add(tipId)) {

               Document doc = createDocument(tip, tags.get(tipId));

               doc.add(new Field(FIELD_REPOSITORY, repositoryName, Store.YES, Index.ANALYZED));

               doc.add(new Field(FIELD_BRANCH, branchName, Store.YES, Index.ANALYZED));

               writer.addDocument(doc);

               result.commitCount += 1;

@@ -557,7 +596,6 @@
               String hash = rev.getId().getName();

               if (indexedCommits.add(hash)) {

                  Document doc = createDocument(rev, tags.get(hash));

                  doc.add(new Field(FIELD_REPOSITORY, repositoryName, Store.YES, Index.ANALYZED));

                  doc.add(new Field(FIELD_BRANCH, branchName, Store.YES, Index.ANALYZED));

                  writer.addDocument(doc);

                  result.commitCount += 1;

@@ -577,7 +615,6 @@
            for (IssueModel issue : issues) {

               result.issueCount++;

               Document doc = createDocument(issue);

               doc.add(new Field(FIELD_REPOSITORY, repositoryName, Store.YES, Index.ANALYZED));

               writer.addDocument(doc);

            }

         }

@@ -585,33 +622,15 @@
         // commit all changes and reset the searcher

         config.setInt(CONF_INDEX, null, CONF_VERSION, INDEX_VERSION);

         config.save();

         resetIndexSearcher(repositoryName);

         writer.commit();

         resetIndexSearcher(model.name);

         result.success();

      } catch (Exception e) {

         logger.error("Exception while reindexing " + repositoryName, e);

         logger.error("Exception while reindexing " + model.name, e);

      }

      return result;

   }

   

   /**

    * Get the tree associated with the given commit.

    *

    * @param walk

    * @param commit

    * @return tree

    * @throws IOException

    */

   protected RevTree getTree(final RevWalk walk, final RevCommit commit)

         throws IOException {

      final RevTree tree = commit.getTree();

      if (tree != null) {

         return tree;

      }

      walk.parseHeaders(commit);

      return commit.getTree();

   }



   /**

    * Incrementally update the index with the specified commit for the

    * repository.

@@ -627,31 +646,17 @@
         String branch, RevCommit commit) {

      IndexResult result = new IndexResult();

      try {

         if (excludedBranches.contains(branch)) {

            if (IssueUtils.GB_ISSUES.equals(branch)) {

               // index an issue

               String issueId = commit.getShortMessage().substring(2).trim();

               IssueModel issue = IssueUtils.getIssue(repository, issueId);

               if (issue == null) {

                  // issue was deleted, remove from index

                  deleteIssue(repositoryName, issueId);

                  result.success = true;

                  return result;

               }

               result.success = index(repositoryName, issue);

               result.issueCount++;

               return result;

					
            }

            return result;

         }

         String [] encodings = storedSettings.getStrings(Keys.web.blobEncodings).toArray(new String[0]);

         List<PathChangeModel> changedPaths = JGitUtils.getFilesInCommit(repository, commit);

         String revDate = DateTools.timeToString(commit.getCommitTime() * 1000L,

               Resolution.MINUTE);

         IndexWriter writer = getIndexWriter(repositoryName);

         for (PathChangeModel path : changedPaths) {

            if (path.isSubmodule()) {

               continue;

            }

            // delete the indexed blob

            deleteBlob(repositoryName, branch, path.path);

            deleteBlob(repositoryName, branch, path.name);



            // re-index the blob

            if (!ChangeType.DELETE.equals(path.changeType)) {

@@ -659,7 +664,6 @@
               Document doc = new Document();

               doc.add(new Field(FIELD_OBJECT_TYPE, SearchObjectType.blob.name(), Store.YES,

                     Index.NOT_ANALYZED));

               doc.add(new Field(FIELD_REPOSITORY, repositoryName, Store.YES, Index.ANALYZED));

               doc.add(new Field(FIELD_BRANCH, branch, Store.YES, Index.ANALYZED));

               doc.add(new Field(FIELD_COMMIT, commit.getName(), Store.YES, Index.ANALYZED));

               doc.add(new Field(FIELD_PATH, path.path, Store.YES, Index.ANALYZED));

@@ -678,15 +682,27 @@
               if (StringUtils.isEmpty(ext) || !excludedExtensions.contains(ext)) {

                  // read the blob content

                  String str = JGitUtils.getStringContent(repository, commit.getTree(),

                        path.path);

                  doc.add(new Field(FIELD_CONTENT, str, Store.YES, Index.ANALYZED));

                  writer.addDocument(doc);

                        path.path, encodings);

                  if (str != null) {

                     doc.add(new Field(FIELD_CONTENT, str, Store.YES, Index.ANALYZED));

                     writer.addDocument(doc);

                  }

               }

            }

         }

         writer.commit();



         Document doc = createDocument(commit, null);

			
         // get any annotated commit tags

         List<String> commitTags = new ArrayList<String>();

         for (RefModel ref : JGitUtils.getTags(repository, false, -1)) {

            if (ref.isAnnotatedTag() && ref.getReferencedObjectId().equals(commit.getId())) {

               commitTags.add(ref.displayName);

            }

         }

			
         // create and write the Lucene document

         Document doc = createDocument(commit, commitTags);

         doc.add(new Field(FIELD_BRANCH, branch, Store.YES, Index.ANALYZED));

         result.commitCount++;

         result.success = index(repositoryName, doc);

      } catch (Exception e) {

@@ -721,8 +737,9 @@
    * @param repositoryName

    * @param issueId

    * @throws Exception

    * @return true, if deleted, false if no record was deleted

    */

   private void deleteIssue(String repositoryName, String issueId) throws Exception {

   private boolean deleteIssue(String repositoryName, String issueId) throws Exception {

      BooleanQuery query = new BooleanQuery();

      Term objectTerm = new Term(FIELD_OBJECT_TYPE, SearchObjectType.issue.name());

      query.add(new TermQuery(objectTerm), Occur.MUST);

@@ -730,8 +747,17 @@
      query.add(new TermQuery(issueidTerm), Occur.MUST);

      

      IndexWriter writer = getIndexWriter(repositoryName);

      int numDocsBefore = writer.numDocs();

      writer.deleteDocuments(query);

      writer.commit();

      int numDocsAfter = writer.numDocs();

      if (numDocsBefore == numDocsAfter) {

         logger.debug(MessageFormat.format("no records found to delete {0}", query.toString()));

         return false;

      } else {

         logger.debug(MessageFormat.format("deleted {0} records with {1}", numDocsBefore - numDocsAfter, query.toString()));

         return true;

      }

   }

   

   /**

@@ -741,29 +767,39 @@
    * @param branch

    * @param path

    * @throws Exception

    * @return true, if deleted, false if no record was deleted

    */

   private void deleteBlob(String repositoryName, String branch, String path) throws Exception {

      BooleanQuery query = new BooleanQuery();

      Term objectTerm = new Term(FIELD_OBJECT_TYPE, SearchObjectType.blob.name());

      query.add(new TermQuery(objectTerm), Occur.MUST);

      Term branchTerm = new Term(FIELD_BRANCH, branch);

      query.add(new TermQuery(branchTerm), Occur.MUST);

      Term pathTerm = new Term(FIELD_PATH, path);

      query.add(new TermQuery(pathTerm), Occur.MUST);

   public boolean deleteBlob(String repositoryName, String branch, String path) throws Exception {

      String pattern = MessageFormat.format("{0}:'{'0} AND {1}:\"'{'1'}'\" AND {2}:\"'{'2'}'\"", FIELD_OBJECT_TYPE, FIELD_BRANCH, FIELD_PATH);

      String q = MessageFormat.format(pattern, SearchObjectType.blob.name(), branch, path);

      

      BooleanQuery query = new BooleanQuery();

      StandardAnalyzer analyzer = new StandardAnalyzer(LUCENE_VERSION);

      QueryParser qp = new QueryParser(LUCENE_VERSION, FIELD_SUMMARY, analyzer);

      query.add(qp.parse(q), Occur.MUST);



      IndexWriter writer = getIndexWriter(repositoryName);

      writer.deleteDocuments(query);

      int numDocsBefore = writer.numDocs();

      writer.deleteDocuments(query);		
      writer.commit();

      int numDocsAfter = writer.numDocs();

      if (numDocsBefore == numDocsAfter) {

         logger.debug(MessageFormat.format("no records found to delete {0}", query.toString()));

         return false;

      } else {

         logger.debug(MessageFormat.format("deleted {0} records with {1}", numDocsBefore - numDocsAfter, query.toString()));

         return true;

      }

   }



   /**

    * Updates a repository index incrementally from the last indexed commits.

    * 

    * @param repositoryName

    * @param model

    * @param repository

    * @return IndexResult

    */

   protected IndexResult updateIndex(String repositoryName, Repository repository) {

   private IndexResult updateIndex(RepositoryModel model, Repository repository) {

      IndexResult result = new IndexResult();

      try {

         FileBasedConfig config = getConfig(repository);

@@ -791,14 +827,55 @@
            deletedBranches.add(branch);

         }



         // walk through each branches

         // get the local branches

         List<RefModel> branches = JGitUtils.getLocalBranches(repository, true, -1);

			
         // sort them by most recently updated

         Collections.sort(branches, new Comparator<RefModel>() {

            @Override

            public int compare(RefModel ref1, RefModel ref2) {

               return ref2.getDate().compareTo(ref1.getDate());

            }

         });

						
         // reorder default branch to first position

         RefModel defaultBranch = null;

         ObjectId defaultBranchId = JGitUtils.getDefaultBranch(repository);

         for (RefModel branch :  branches) {

            if (branch.getObjectId().equals(defaultBranchId)) {

               defaultBranch = branch;

               break;

            }

         }

         branches.remove(defaultBranch);

         branches.add(0, defaultBranch);

			
         // walk through each branches

         for (RefModel branch : branches) {

            String branchName = branch.getName();



            boolean indexBranch = false;

            if (model.indexedBranches.contains(com.gitblit.Constants.DEFAULT_BRANCH)

                  && branch.equals(defaultBranch)) {

               // indexing "default" branch

               indexBranch = true;

            } else if (IssueUtils.GB_ISSUES.equals(branch)) {

               // update issues modified on the GB_ISSUES branch

               // note: this is different than reindex

               indexBranch = true;

            } else {

               // normal explicit branch check

               indexBranch = model.indexedBranches.contains(branch.getName());

            }

				
            // if this branch is not specifically indexed then skip

            if (!indexBranch) {

               continue;

            }

				
            // remove this branch from the deletedBranches set

            deletedBranches.remove(branchName);



				
            // determine last commit

            String keyName = getBranchKey(branchName);

            String lastCommit = config.getString(CONF_BRANCH, null, keyName);

@@ -816,10 +893,35 @@
               result.branchCount += 1;

            }

            

            // track the issue ids that we have already indexed

            Set<String> indexedIssues = new TreeSet<String>();

				
            // reverse the list of commits so we start with the first commit            

            Collections.reverse(revs);

            for (RevCommit commit : revs) {

               result.add(index(repositoryName, repository, branchName, commit));					
            for (RevCommit commit : revs) {					
               if (IssueUtils.GB_ISSUES.equals(branch)) {

                  // only index an issue once during updateIndex

                  String issueId = commit.getShortMessage().substring(2).trim();

                  if (indexedIssues.contains(issueId)) {

                     continue;

                  }

                  indexedIssues.add(issueId);

						
                  IssueModel issue = IssueUtils.getIssue(repository, issueId);

                  if (issue == null) {

                     // issue was deleted, remove from index

                     if (!deleteIssue(model.name, issueId)) {

                        logger.error(MessageFormat.format("Failed to delete issue {0} from Lucene index!", issueId));

                     }

                  } else {

                     // issue was updated

                     index(model.name, issue);

                     result.issueCount++;

                  }

               } else {

                  // index a commit

                  result.add(index(model.name, repository, branchName, commit));

               }

            }



            // update the config

@@ -833,18 +935,18 @@
         // unless a branch really was deleted and no longer exists

         if (deletedBranches.size() > 0) {

            for (String branch : deletedBranches) {

               IndexWriter writer = getIndexWriter(repositoryName);

               IndexWriter writer = getIndexWriter(model.name);

               writer.deleteDocuments(new Term(FIELD_BRANCH, branch));

               writer.commit();

            }

         }

         result.success = true;

      } catch (Throwable t) {

         logger.error(MessageFormat.format("Exception while updating {0} Lucene index", repositoryName), t);

         logger.error(MessageFormat.format("Exception while updating {0} Lucene index", model.name), t);

      }

      return result;

   }



	
   /**

    * Creates a Lucene document from an issue.

    * 

@@ -906,11 +1008,10 @@
    */

   private boolean index(String repositoryName, Document doc) {

      try {         

         doc.add(new Field(FIELD_REPOSITORY, repositoryName, Store.YES, Index.NOT_ANALYZED));

         IndexWriter writer = getIndexWriter(repositoryName);

         writer.addDocument(doc);

         resetIndexSearcher(repositoryName);

         writer.commit();

         resetIndexSearcher(repositoryName);

         return true;

      } catch (Exception e) {

         logger.error(MessageFormat.format("Exception while incrementally updating {0} Lucene index", repositoryName), e);

@@ -918,15 +1019,16 @@
      return false;

   }



   private SearchResult createSearchResult(Document doc, float score) throws ParseException {

   private SearchResult createSearchResult(Document doc, float score, int hitId, int totalHits) throws ParseException {

      SearchResult result = new SearchResult();

      result.hitId = hitId;

      result.totalHits = totalHits;

      result.score = score;

      result.date = DateTools.stringToDate(doc.get(FIELD_DATE));

      result.summary = doc.get(FIELD_SUMMARY);      

      result.author = doc.get(FIELD_AUTHOR);

      result.committer = doc.get(FIELD_COMMITTER);

      result.type = SearchObjectType.fromName(doc.get(FIELD_OBJECT_TYPE));

      result.repository = doc.get(FIELD_REPOSITORY);

      result.branch = doc.get(FIELD_BRANCH);

      result.commitId = doc.get(FIELD_COMMIT);

      result.issueId = doc.get(FIELD_ISSUE);

@@ -943,7 +1045,7 @@
   private synchronized void resetIndexSearcher(String repository) throws IOException {

      IndexSearcher searcher = searchers.remove(repository);

      if (searcher != null) {

         searcher.close();

         searcher.getIndexReader().close();

      }

   }



@@ -973,8 +1075,8 @@
    * @throws IOException

    */

   private IndexWriter getIndexWriter(String repository) throws IOException {

      IndexWriter indexWriter = writers.get(repository);		
      File repositoryFolder = new File(repositoriesFolder, repository);

      IndexWriter indexWriter = writers.get(repository);				
      File repositoryFolder = FileKey.resolve(new File(repositoriesFolder, repository), FS.DETECTED);

      File indexFolder = new File(repositoryFolder, LUCENE_DIR);

      Directory directory = FSDirectory.open(indexFolder);      



@@ -996,19 +1098,21 @@
    * 

    * @param text

    *            if the text is null or empty, null is returned

    * @param maximumHits

    *            the maximum number of hits to collect

    * @param page

    *            the page number to retrieve. page is 1-indexed.

    * @param pageSize

    *            the number of elements to return for this page

    * @param repositories

    *            a list of repositories to search. if no repositories are

    *            specified null is returned.

    * @return a list of SearchResults in order from highest to the lowest score

    * 

    */

   public List<SearchResult> search(String text, int maximumHits, List<String> repositories) {

   public List<SearchResult> search(String text, int page, int pageSize, List<String> repositories) {

      if (ArrayUtils.isEmpty(repositories)) {

         return null;

      }

      return search(text, maximumHits, repositories.toArray(new String[0]));

      return search(text, page, pageSize, repositories.toArray(new String[0]));

   }

   

   /**

@@ -1016,15 +1120,17 @@
    * 

    * @param text

    *            if the text is null or empty, null is returned

    * @param maximumHits

    *            the maximum number of hits to collect

    * @param page

    *            the page number to retrieve. page is 1-indexed.

    * @param pageSize

    *            the number of elements to return for this page

    * @param repositories

    *            a list of repositories to search. if no repositories are

    *            specified null is returned.

    * @return a list of SearchResults in order from highest to the lowest score

    * 

    */	
   public List<SearchResult> search(String text, int maximumHits, String... repositories) {

    */

   public List<SearchResult> search(String text, int page, int pageSize, String... repositories) {

      if (StringUtils.isEmpty(text)) {

         return null;

      }

@@ -1044,7 +1150,7 @@
         qp = new QueryParser(LUCENE_VERSION, FIELD_CONTENT, analyzer);

         qp.setAllowLeadingWildcard(true);

         query.add(qp.parse(text), Occur.SHOULD);



			
         IndexSearcher searcher;

         if (repositories.length == 1) {

            // single repository search

@@ -1057,18 +1163,31 @@
               readers.add(repositoryIndex.getIndexReader());

            }

            IndexReader[] rdrs = readers.toArray(new IndexReader[readers.size()]);

            MultiReader reader = new MultiReader(rdrs);

            MultiSourceReader reader = new MultiSourceReader(rdrs);

            searcher = new IndexSearcher(reader);

         }

			
         Query rewrittenQuery = searcher.rewrite(query);

         TopScoreDocCollector collector = TopScoreDocCollector.create(maximumHits, true);

         logger.debug(rewrittenQuery.toString());



         TopScoreDocCollector collector = TopScoreDocCollector.create(5000, true);

         searcher.search(rewrittenQuery, collector);

         ScoreDoc[] hits = collector.topDocs().scoreDocs;

         int offset = Math.max(0, (page - 1) * pageSize);

         ScoreDoc[] hits = collector.topDocs(offset, pageSize).scoreDocs;

         int totalHits = collector.getTotalHits();

         for (int i = 0; i < hits.length; i++) {

            int docId = hits[i].doc;

            Document doc = searcher.doc(docId);

            // TODO identify the source index for the doc, then eliminate FIELD_REPOSITORY

            SearchResult result = createSearchResult(doc, hits[i].score);

            SearchResult result = createSearchResult(doc, hits[i].score, offset + i + 1, totalHits);

            if (repositories.length == 1) {

               // single repository search

               result.repository = repositories[0];

            } else {

               // multi-repository search

               MultiSourceReader reader = (MultiSourceReader) searcher.getIndexReader();

               int index = reader.getSourceIndex(docId);

               result.repository = repositories[index];

            }

            String content = doc.get(FIELD_CONTENT);            

            result.fragment = getHighlightedFragment(analyzer, query, content, result);

            results.add(result);

@@ -1091,42 +1210,86 @@
    */

   private String getHighlightedFragment(Analyzer analyzer, Query query,

         String content, SearchResult result) throws IOException, InvalidTokenOffsetsException {

      content = content == null ? "":StringUtils.escapeForHtml(content, false);

		
      if (content == null) {

         content = "";

      }		


      int fragmentLength = SearchObjectType.commit == result.type ? 512 : 150;



      QueryScorer scorer = new QueryScorer(query, "content");

      Fragmenter fragmenter;

		
      // TODO improve the fragmenter - hopefully on line breaks

      if (SearchObjectType.commit == result.type) {

         fragmenter = new SimpleSpanFragmenter(scorer, 1024); 
      } else {

         fragmenter = new SimpleSpanFragmenter(scorer, 150);

      }

      Fragmenter fragmenter = new SimpleSpanFragmenter(scorer, fragmentLength); 


      // use an artificial delimiter for the token

      String termTag = "<!--[";

      String termTagEnd = "]-->";

      String termTag = "!!--[";

      String termTagEnd = "]--!!";

      SimpleHTMLFormatter formatter = new SimpleHTMLFormatter(termTag, termTagEnd);

      Highlighter highlighter = new Highlighter(formatter, scorer);      

      highlighter.setTextFragmenter(fragmenter);

		
      String [] fragments = highlighter.getBestFragments(analyzer, "content", content, 5);



      String [] fragments = highlighter.getBestFragments(analyzer, "content", content, 3);

      if (ArrayUtils.isEmpty(fragments)) {

         if (SearchObjectType.blob  == result.type) {

            return "";

         }

         return "<pre class=\"text\">" + content + "</pre>";

         // clip commit message

         String fragment = content;

         if (fragment.length() > fragmentLength) {

            fragment = fragment.substring(0, fragmentLength) + "...";

         }

         return "<pre class=\"text\">" + StringUtils.escapeForHtml(fragment, true) + "</pre>";

      }

		
      // make sure we have unique fragments

      Set<String> uniqueFragments = new LinkedHashSet<String>();

      for (String fragment : fragments) {

         uniqueFragments.add(fragment);

      }

      fragments = uniqueFragments.toArray(new String[uniqueFragments.size()]);

		
      StringBuilder sb = new StringBuilder();

      for (int i = 0, len = fragments.length; i < len; i++) {

         String fragment = fragments[i];

			
         String tag = "<pre class=\"text\">";



         // resurrect the raw fragment from removing the artificial delimiters

         String raw = fragment.replace(termTag, "").replace(termTagEnd, "");			
         sb.append(getPreTag(result, raw, content));

         String raw = fragment.replace(termTag, "").replace(termTagEnd, "");



         // determine position of the raw fragment in the content

         int pos = content.indexOf(raw);

				
         // restore complete first line of fragment

         int c = pos;

         while (c > 0) {

            c--;

            if (content.charAt(c) == '\n') {

               break;

            }

         }

         if (c > 0) {

            // inject leading chunk of first fragment line

            fragment = content.substring(c + 1, pos) + fragment;

         }

				
         if (SearchObjectType.blob  == result.type) {

            // count lines as offset into the content for this fragment

            int line = Math.max(1, StringUtils.countLines(content.substring(0, pos)));

				
            // create fragment tag with line number and language

            String lang = "";

            String ext = StringUtils.getFileExtension(result.path).toLowerCase();

            if (!StringUtils.isEmpty(ext)) {

               // maintain leading space!

               lang = " lang-" + ext;

            }

            tag = MessageFormat.format("<pre class=\"prettyprint linenums:{0,number,0}{1}\">", line, lang);

								
         }

         

         sb.append(tag);



         // replace the artificial delimiter with html tags

         String html = fragment.replace(termTag, "<span class=\"highlight\">").replace(termTagEnd, "</span>");

         String html = StringUtils.escapeForHtml(fragment, false);

         html = html.replace(termTag, "<span class=\"highlight\">").replace(termTagEnd, "</span>");

         sb.append(html);

         sb.append("</pre>");

         if (i < len - 1) {

@@ -1134,31 +1297,7 @@
         }

      }

      return sb.toString();

   }

	
   /**

    * Returns the appropriate tag for a fragment. Commit messages are visually

    * differentiated from blob fragments.

    * 
    * @param result

    * @param fragment

    * @param content

    * @return an html tag appropriate for the fragment

    */

   private String getPreTag(SearchResult result, String fragment, String content) {

      String pre = "<pre class=\"text\">";

      if (SearchObjectType.blob  == result.type) {

         int line = StringUtils.countLines(content.substring(0, content.indexOf(fragment)));			
         int lastDot = result.path.lastIndexOf('.');

         if (lastDot > -1) {

            String ext = result.path.substring(lastDot + 1).toLowerCase();

            pre = MessageFormat.format("<pre class=\"prettyprint linenums:{0,number,0} lang-{1}\">", line, ext);	
         } else {

            pre = MessageFormat.format("<pre class=\"prettyprint linenums:{0,number,0}\">", line);

         }

      }

      return pre;

   }

   }	
   

   /**

    * Simple class to track the results of an index update. 

@@ -1188,4 +1327,38 @@
         return (endTime - startTime)/1000f;

      }

   }

	
   /**

    * Custom subclass of MultiReader to identify the source index for a given

    * doc id.  This would not be necessary of there was a public method to

    * obtain this information.

    *  
    */

   private class MultiSourceReader extends MultiReader {

		
      final Method method;

		
      MultiSourceReader(IndexReader[] subReaders) {

         super(subReaders);

         Method m = null;

         try {

            m = MultiReader.class.getDeclaredMethod("readerIndex", int.class);

            m.setAccessible(true);

         } catch (Exception e) {

            logger.error("Error getting readerIndex method", e);

         }

         method = m;

      }

		
      int getSourceIndex(int docId) {

         int index = -1;

         try {

            Object o = method.invoke(this, docId);

            index = (Integer) o;

         } catch (Exception e) {

            logger.error("Error getting source index", e);

         }

         return index;

      }

   }

}